Ernest Labrousse grandit à Barbezieux en Charente dans une famille d'artisans. A 16 ans, il intègre le groupe d'étude sociale de Barbezieux qui s'affilie à la Fédération révolutionnaire-communiste. Un an plus tard, en 1912, il devient secrétaire de l'Ouest de cette organisation rebaptisée Fédération communiste-anarchiste. Durant cette même année, il s'éloigne de la Charente suite à son entrée à la Faculté de lettres de Paris où il étudie l'histoire et prépare son diplôme d'études supérieures d'histoire et de géographie entre 1913 et 1914.
Au début de ses études supérieures, Ernest Labrousse s'éloigne de la mouvance anarchiste. Il rejoint la Section française de l'Internationale ouvrière (SFIO) en 1916. Il entre à L'Humanité en tant que rédacteur en 1919, mais il écrit aussi pour Le Populaire, et L'Internationale. Il adhère à la Ligue des droits de l'homme au début des années 1920. Il soutient l'adhésion de la SFIO à la troisième Internationale et rejoint la Section française de l'Internationale communiste (SFIC). Cependant, il est exclu des colonnes de L'Humanité en 1924 et quitte la SFIC en 1925. Il s'éloigne alors du monde militant pour se consacrer pleinement à ses activités académiques.
Ernest Labrousse se lance dans des études de droit et prépare sans succès le concours d'agrégation de sciences économiques (relevant des facultés de droit) à partir de 1924. Il exerce pour un temps la profession d'avocat au Barreau de Paris. Il soutient sa thèse "Esquisse du mouvement des prix et des revenus en France au XVIIIème siècle" à la Faculté de droit de Paris en 1932. Sa trajectoire intellectuelle s'oriente alors définitivement vers l'histoire économique et sociale. Il devient chargé de conférences à la IVème chambre de l'Ecole pratique des hautes études (EPHE) en 1935. Il entame aussi sa seconde thèse, en lettres intitulée "Crise de l'économie française à la fin de l'Ancien Régime". Il obtient son doctorat à la Faculté de lettres de Paris en 1943. Il est élu à la chaire d'histoire économique de la Sorbonne un an plus tard.
Ernest Labrousse renoue avec le monde politique et militant en 1938 en rejoignant le Parti socialiste. Il est membre clandestin de cette organisation pendant l'Occupation. Il devient directeur de l'éphémère cabinet de Léon Blum en 1947. La direction de la Revue socialiste lui est aussi confiée de 1946 jusqu'à sa démission en 1954, suite à son refus de soutenir le projet de Communauté européenne de défense. Il est l'un des membres fondateur du Parti socialiste autonome (PSA) en 1958 qui se transforme en Parti socialiste unifié (PSU) en 1959.
Ernest Labrousse occupe la chaire d'histoire économique à la Sorbonne jusqu'en 1965. Il reste néanmoins un chercheur actif. Il dirige, avec Fernand Braudel, la publication de l'histoire économique et sociale de la France éditée entre 1970 et 1982. Il se consacre aussi aux sociétés savantes et aux associations qu'il préside ou anime.
Il milite au sein de la Ligue des droits de l'Homme, dont il est membre du comité central. Il préside la Société d'études jaurésiennes, la Société des amis de Léon Blum, mais aussi la Société d'études robespierristes à partir de 1982. Il est nommé président d'honneur de la Commission de recherche historique pour le bicentenaire de la Révolution entre 1983 et 1985. Il suivra ce dernier projet jusqu'en 1987 avant de décéder en 1988 à Paris.
